Вы можете попытаться взглянуть на источники существующих проектов, таких как JBoss или JBoss Embedded ejb container, которые должны помочь.Вы можете реализовать спецификации так, как вы хотите, не важно, как вы это делаете, если вы соответствуете спецификациям (если, конечно, хотите быть совместимым с J2EE)