plot3
принимает 3 входа в качестве координат X, Y и Z.
так как вам нужна линия между двумя точками, вам нужно ввести два 3D-наблюдения
plot3(X1,Y1,Z1,...)
скажите, что ваши 2 наблюдения с наибольшим расстоянием между ними - 3-е и 5-е
тогда
plot3(scores([3 5],1),scores([3 5],2),scores([3 5],3))
даст вам то, что вам нужно
Счастливого заговора!