Использование IFrames для меня не имеет побочных эффектов.
Все крупные компании используют IFrames для показа рекламы, виджеты. Мы используем Iframe для отложенной загрузки файла.
Существует множество вариантов использования IFrames, так что это не так плохо, как кажется. Я никогда не сталкивался с плагином или дополнением, которое блокирует IFrames.
Несмотря на то, что вы можете делать практически все с помощью Javascript, но в конце дня IFrames дает больший контроль над контентом, я бы сказал.