«Текущий» каталог - это то место, откуда вы запустили сервер, поэтому обратитесь к своему файлу относительно этого, например, "config/autocomplete.properties"
или где угодно.
Лучший подход - знать в чем проблема. Используйте такой код, который поможет вам отладить проблему:
File propertiesFile = new File("config/autocomplete.properties");
if (!propertiesFile.exists())
throw new IllegalStateException("Could not find properties file: " + propertiesFile.getAbsolutePath());
properties.load(new FileInputStream(file));
Если это произойдет, сообщение об исключении покажет вам, где, по его мнению, находится файл, и вы быстро выясните, как исправить проблему.