git diff --cached
должен добиться цели, если вы просто хотите использовать патч diff.
Если вы действительно хотите использовать все функции format-patch
, вам действительно следует выполнить коммит (в конце концов, вы хотитесообщение коммита, если вы отправляете патч в апстрим).