Я думаю (не совсем уверен), что есть метод, подобный "modelToView", который возвращает фактический индекс в модели, которую представляет индекс вида.
Так, например, у вас есть A, B, C, D, а затем вы сортируете desc. D, C, B, A этот метод будет возвращать 0 для индекса представления 3 (A)
Я думаю, что это было на JXTable, который поддерживает сортировку, или на JTable в Java 6.
Если вы создали эту сортировку самостоятельно, рассмотрите возможность добавления этого метода.