Во время выключения Tomcat метод org.apache.catalina.startup.Catalina.stopServer(Catalina.java:436)
читает файл conf/server.xml
.
Сама ошибка вызвана тем, что синтаксический анализатор пытается проанализировать файл не в формате utf8.
у вас скорее всего есть
<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>
в верхней части файла server.xml, но кто-то отредактировал файл (возможно, в приложении Windows) и сделал его не совместимым с utf8. Попробуйте выяснить, в какой кодировке находится файл, убедитесь, что в нем есть все символы, соответствующие UTF-8, или измените объявление в верхней части файла на используемую кодировку.