Я бы сказал, что это определенно зависит от программы. Я бы предпочел перейти с номером 1, потому что его было бы проще поддерживать.
Но вариант 2 может быть жизнеспособным в зависимости от того, какие операции вы выполняете, если они похожи на операции, то было бы лучше иметь их в одном файле. Если они представляют собой совершенно разные операции, то имеет смысл иметь их в отдельном файле.
Также это преждевременная оптимизация.