AFAIK rsync и unison не могут удовлетворить ваши потребности, так как вы хотите, чтобы изменения были помещены в третью папку C.
Этот код не проверен:
#python
import os
import shutil
a_dir=...
b_dir=...
c_dir=...
len_a_dir=len(a_dir)
for root, dirs, files in os.walk(a_dir):
dirs.sort()
for file in sorted(files):
a_file=os.path.join(root, file)
b_file='%s%s' % (b_dir, file[len_a_dir:])
if os.path.getmtime(a_file)!=os.path.getmtime(b_file):
c_file='%s%s' % (c_dir, file[len_a_dir:])
shutil.copyfile(b_file, c_file)