Если вы просто хотите переместить данные, то Мастер изменения данных или SQL Migration Assistant for Access (зависит от версии БД) могут сделать это довольно легко.
Если вам нужно преобразовать данные, вы можете сделать это из Access, используя ссылки на таблицы, или вы можете сделать это через SQL Server, используя SQL Server IntegrationServices SSIS. Наконец, вы можете написать клиентскую программу, которая делает это, если ни один из этих других вариантов не подходит.