Конечно, javascript документа PDF можно редактировать.
Я не знаю, как это можно сделать в других библиотеках, но с Docotic.Pdf (я работаю в Bit Miracle) вы можете добавлять / удалять / редактировать действия javascript для элементов управления, страниц и документа как в целом.
Вот пример для установки и изменения действия javascript. Код предполагает, что документ содержит кнопку.
PdfDocument doc = new PdfDocument("document-with-button.pdf");
// assume that first widget is a button
PdfButton button = doc.Widgets[0] as PdfButton;
// add javascript action for OnMouseEnter event
PdfJavaScriptAction action = doc.CreateJavaScriptAction("app.alert('OnMouseEnter JavaScript Action',3)");
button.OnMouseEnter = action;
// change javascript action for OnMouseEnter event
(button.OnMouseEnter as PdfJavaScriptAction).Script = "app.alert('Well, hello from OnMouseEnter JavaScript Action',3)";
doc.Save("output.pdf");