Следует помнить, что добавление файла wxs в ваш проект подразумевает, что MSBuild будет выполнять инкрементную сборку при обновлении файла wxs. Включение файла wxi не делает этого.
Но, с другой стороны, MSBuild не выполняет автоматическую сборку, когда какой-либо из файлов, которые вы включаете в msi, был обновлен, поэтому вы, вероятно, в любом случае не будете делать инкрементную сборку.