Тесты, которые я видел для InnoDB специально в MySQL, показывают умеренное снижение производительности для операций записи (INSERT), но более благоприятные операции чтения, особенно с увеличением количества и размера таблиц.
Однако ваш пробег может отличаться в зависимости от многих других факторов. Размер буфера базы данных, индексация в файловой системе и т. Д.
Если ваши таблицы не очень большие, файлы для каждой таблицы, вероятно, не будут иметь большого значения в любом случае, так как большая часть вашей базы данных будет в памяти.