Если вы хотите остановить анимацию после определенного промежутка времени ...
setTimeout(circle.stop(animation), 500) //500 is milliseconds, so it's 0.5s
Если вы хотите остановить анимацию после события, например, щелчка
circle.click(function(){
circle.stop(animation)
})
Редактировать: Кажется, Рафаэль не останавливается, если для повторения установлено значение Бесконечный, возможно, кто-то знает обходной путь, вот скрипка: http://jsfiddle.net/fKxqS/