Если у вас два разных компонента с разными свойствами, это значит, что у вас два разных объекта. Это означает, что вы относитесь к ним так же, как к обычным объектам -
BeanClass b1 = (BeanClass) ctx.getBean("id1");
BeanClass b2 = (BeanClass) ctx.getBean("id2");
Однако если у вас есть отдельный сценарий, где вы загружаете bean 1 в своем классе для нормальной работы и bean 2 в своем классе, когда вы запускаете его через JUnit, тогда у вас должен быть совершенно другой подход -
Имеется два разных applicationContext.xml файла. Первый загружается, когда ваш код выполняется, а затем другой (applicationContext-test.xml) загружается, когда вы запускаете код через JUNIT. Таким образом, вы можете загружать различные компоненты без изменения кода.