Достаточно ли для вызова Mapper.Initialize в Application_Start () в global.asax или какой-то контейнер IoC должен позаботиться о времени жизни?
protected void Application_Start() { Mapper.Initialize(x=>x.AddProfile(new SomeProfile())); }
должно быть достаточно. У меня никогда не было проблем с инициализацией Automapper таким образом.