Я подозреваю, что здесь происходит что-то еще, и это не проблема кодирования.
Я отказываюсь верить, что это проблема jQuery (см. http://jsfiddle.net/KLzYf/ для моего jsutification).
Следующий необработанный HTML сообщит "1":
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;charset=utf-8">
</head>
<html>
<body>
<input type="text" value="æ" id="test"/>
</body>
<script type="text/javascript">
alert(document.getElementById("test").value.length);
</script>
</html>
Мне было бы интересно посмотреть некоторые HTML / другие коды. И, к примеру, провести несколько тестов, что из следующего даст вам
alert("æ".length); //=1?
alert('"' + $('#id').val() + '"'); //are there any spaces/other chars?
Кроме того, если вы просматриваете исходный код в HTML, как будет выглядеть содержимое вашего ввода.