Если вы используете PDO, вы можете просто проверить, является ли обработчик нулевым или нет, прежде чем запускать сценарии обслуживания.Таким образом, вы не будете создавать соединение, как с sqlite_popen()
Создайте постоянное соединение с PDO, если хотите: $handler = new PDO('sqlite:test.db', NULL, NULL, array(PDO::ATTR_PERSISTENT => TRUE));
... Тогда вы можете просто закрыть соединение до того, какСценарий обслуживания вызывается при условии, что он работает по какому-то графику:
if(!is_null($handler)){
$handler = null;
//run maintenance script, recreate connection once finished
}