Класс, который был загружен, отличается от исходного кода. Например. разные версии бинарных и исходных кодов.
Иногда один и тот же класс появляется несколько раз под classpath.
Иногда отладчик может показывать неправильную строку, если файл имеет смесь cr / lf (однако никогда не видел его с помощью IDEA).
Иногда инструментарий во время сборки или во время выполнения может сбить с толку отладчик.