Итак, вы, вероятно, не можете сделать это хорошо, и в большинстве случаев вы не захотите. Однако можно разделить компиляцию и сборку сборки на два этапа, собрав все источники с модулями и затем связав модули и ресурсы в конечные сборки.
Короткий ответ: получить текстовый IL из компилятора C # в .Net невозможно, и в любом случае от этого не так много пользы.