Посмотрите на получение JFreeChart и интегрируйте его для всех графиков.Что касается укладки графиков, вы можете использовать простой JPanel с BoxLayout или мой любимый TableLayout.Затем вертикально сложите графики.Если вы хотите прокрутить графики независимо, вы можете обернуть их в JScrollPane и добавить их в корневой JPanel.
Хитрее, если вы хотите прокрутить эти графики с помощью одной полосы прокрутки, вам нужно поместить каждый график в JPanel, который оборачивается вокруг самого длинного графика (дочернего), а затем обернуть его в JScrollPane.Затем добавьте эту оборачивающую панель в корневой JPanel.
http://www.jfree.org/jfreechart/