порты определяются тем, какой порт слушает ваше приложение.Если у вас есть физический доступ через ssh к серверу, у вас есть права суперпользователя и т. Д., Вы можете просто рассматривать его как dev-сервер.
Я бы порекомендовал forever для его работы и, возможно, записибалансировщик для обработки нескольких узловых приложений одновременно.
Обработка разрешений должна выполняться на основе подключения.Пользователь подключается к вашему сервису, а вы аутентифицируете его по уровням разрешений.Это сделано вручную.
Папка, которую вы размещаете, не очень актуальна.
Если у вас есть сервер no.de, вы можете узнать, как использовать их интеллектуальные машины.Есть аналогичные руководства, скажем, для Amazon EC2.