Я думаю, что это будет работать для вас:
action => action.For<IUnitOfWork>().Use(() => LifetimeManager.Current));
action => action.For(typeof (IRepository<>)).Use(typeof (Repository<>)));
Это при условии, что конструктор репозитория имеет параметр IUnitOfWork. Просто убедитесь, что все параметры конструктора класса Repository зарегистрированы в контейнере, и вам будет хорошо идти.
Если у вас нет нескольких конструкторов в классе Repository, и вы хотите выбрать конкретный, не нужно использовать метод SelectConstructor.