Используйте CCSequence с CCFadeIn, а затем добавьте CCCallFunc после него.
onEnter и onExit связаны с размещением и удалением объектов CCNode, а не с физическими представлениями.
Пример кода:
[scene runAction:[CCSequence actions:
[CCFadeIn actionWithDuration:0.45f],
[CCCallFunc actionWithTarget:scene selector:@selector(fakeOnEnter:)], nil]];
Внутри вашего объекта сцены вам понадобится метод как таковой,
-(void) fakeOnEnter:(id)sender {
// your code to run after the fadein
}