Попробуйте вставить следующую строку перед всеми объявлениями узлов:
node[label=""];
Конечно, узлы, у которых определено свойство label, будут по-прежнему отображать свои метки.
Также, если я правильно помню, по крайней мере один узел фигуры не использует метку:
node[shape=point]