flot - это нормально в IE9, но IE9 не в порядке с некоторым синтаксисом JavaScript.
Отладка той же проблемы, как описано, выявила ошибку с массивом данных, определенным как:
$.plot($("#fig2"), [
{...},
{...},
], options});
IE думает, что в этом массиве 3 члена, поэтому цикл во flot прерван.Итак, очистите синтаксис массива от нечетной закрывающей запятой!