Для этого есть два варианта:
a) создайте элемент Popup в коде, не делая его частью дерева элементов, и назначьте свой элемент управления дочерним элементом этого Popup. Затем используйте IsOpen = true, чтобы показать его.
b) повторно поместите PhoneApplicationFrame, который является корнем вашего дерева элементов, и вставьте ваши глобальные элементы в часть шаблона, которая является общей для всех страниц.