Элементы в глобальном кэше сборок распределяются между программами.
Когда вы используете Gacutil для добавления сборки в кеш, подсчет ссылок для элементов, которые от него зависят, не будет. Следовательно, возможно, что при использовании GacUtil / U для удаления вашей библиотеки из кэша у вас будут испорчены другие программы, которые зависят от нее.
Напротив, установщик Windows 2.0 ведет подсчет и удаляет библиотеки из кэша сборок только тогда, когда это не требуется ни одной другой программе.