Класс SmtpClient в пространстве имен System.Net.Mail содержит свойства для хоста и порта.
Таким образом, нет никаких проблем в настройке различных портов и хостов. Реальный порт, на который вы будете отправлять почту, зависит от выбранной вами службы Smtp.
За лучшее место для хранения конфигурации хоста и порта.
Это зависит от цели. Используйте файл .config (настройки приложения), если это однократная конфигурация, необходимая только во время процесса установки и исправленная для всех ваших пользователей. Используйте файл конфигурации (пользовательские настройки), если вы хотите дать каждому из ваших пользователей возможность изменять эти данные во время выполнения. Также, если у вашего приложения есть база данных, вы можете рассмотреть таблицу параметров с информацией о конфигурации.
Для «программно добавить мое приложение в антивирус».
Я думаю, что это очень сложно, если вообще возможно. Безопасность будет серьезно подорвана.
И, в конце концов, каждое решение будет зависеть от конкретного API для конкретного поставщика антивируса.