По умолчанию Netbeans будет использовать свою компиляцию в режиме сохранения , как упоминалось в этом другом ответе . Каждый раз, когда вы изменяете и сохраняете файл, он автоматически пытается скомпилировать его (а также необходимые зависимости, если таковые имеются).
Пока этот режим активен, вы не имеете контроля над файлами при компиляции и очень мало контроля над компиляцией проекта. Ваша единственная опция - Выполнить -> Очистить и построить, которая удаляет любой автоматически скомпилированный класс, снова компилирует все и создает JAR из вашего проекта.
Таким образом, чтобы управлять компиляцией одного файла, сначала необходимо снять флажок Компилировать при сохранении в разделе «Сборка / Компиляция» свойств вашего проекта (щелкните правой кнопкой мыши проект на вкладке «Проекты», нажмите Свойства). После этого вы получаете новую опцию в меню «Выполнить»: Компиляция файла (по умолчанию связана с F9). Конечно, это также означает, что теперь вам нужно будет вручную запускать сборки через меню «Выполнить», когда это необходимо.