Я бы порекомендовал пометить их интерфейсами тегов - они будут сохраняться при регистрации и в разных рабочих пространствах.
Что-то вроде
public interface Observer {} // no required methods
и затем, когда вы хотите пометить класс как наблюдатель, вы делаете
public class SomeClass implements Observer {...}
В eclipse вы можете открыть иерархическое представление на интерфейсе тегов (в данном случае Observer) и увидеть все, что его реализует.
Вы также можете использовать аннотации для пометки.
В обоих случаях вы также можете написать код, который отражает вашу кодовую базу для поиска помеченных классов.