Предполагая, что вы используете тесты в одной операционной системе, все сводится к вашей структуре данных. Например, в Mongo и Mysql у вас есть индексы, но если вы не используете индекс, mysql превзойдет mongo, если правильно индексировать mongo, они будут близки. Mongo лучше подходит для неструктурированных данных, где Mysql лучше для структурированных данных и, как правило, не выполняет хранилище данных неструктурированного типа / типа NoSQL. DML (обновления / вставки / удаления) может быть быстрее по индексу с Mysql в зависимости от хорошего дизайна данных.
Преимущества основаны на архитектуре. Например, Mysql - это традиционный тип транзакции на основе строк (OLTP). Mongo предназначен для неструктурированных данных, схема не требуется. Обычно подобные системы используют пары ключ / значение для идентификации своих объектов, что обеспечивает быстрый доступ к данным на диске.