Да, безопасно запускать git gc (или большинство других команд cgit) на сервере во время работы Gerrit.
Нет, jgit не выполняет это автоматически. Большинство групп, использующих Gerrit, имеют скрипт, который запускает gc раз в неделю или около того. Я попытался найти больше официальной документации по этому вопросу, но ничего не увидел.