Во-первых, да.Внешние загруженные SWF не будут работать.Однако вы можете встраивать SWF / SWC в свой проект и включать их в свой пакет.
Что касается компонентов Flex, держитесь подальше от Halo.Вы должны использовать Flex 4.6 и придерживаться компонентов с мобильными оболочками.Я рекомендую скачать Tour de Flex http://www.adobe.com/devnet/flex/tourdeflex.html, чтобы получить представление о том, что доступно.
Что касается режимов наложения, я не совсем уверен.Я еще не использовал их в мобильном телефоне.Однако фильтры поддерживаются, но они дороги.Для теней на прямоугольниках есть нечто, называемое RectangularDropShadow.Это на самом деле компонент и поэтому дешевле.Однако его можно использовать только для прямоугольных групп.
У вас должен быть доступ ко всем API-интерфейсам AIR.Однако при использовании некоторых классов, связанных с файлами, вы будете ограничены, так как я не верю, что вы можете оставить свой каталог хранения Appliaction.
Один большой совет по производительности, который я могу дать, - это использовать AS3 поверх MXML, когда это возможно, ОСОБЕННО при создании средств визуализации элементов.По возможности используйте BitmapImage over Image, особенно в средствах визуализации элементов.Используйте cacheAsBitmap всякий раз, когда у вас есть изображения, которые не часто меняются.И держитесь подальше от любого компонента Flex, у которого нет мобильной темы оформления.
Возможно, вы также захотите ознакомиться с политиками просмотра и уничтожения.http://www.adobe.com/devnet/flex/articles/flex-mobile-development-tips-tricks-pt1.html
Эта ссылка также содержит несколько советов по повышению производительности http://www.adobe.com/devnet/flex/articles/flex-mobile-performance-checklist.html