Я не думаю, что это возможно из-за ограничений JVM. API и поведение IO довольно позорные для самого популярного в мире языка / платформы.
Если вы посмотрите на исходный код FileUtils, во время копирования он создаст новый файл, подобный этому
File copiedFile = new File(destDir, srcFile.getName());
права доступа к файлу не сохраняются. А во время фактического копирования байты копируются пакетами (буферизируются) и записываются в новый файл.
но вы можете подождать пару дней или использовать предварительную версию JDK7, в которой есть apis, чтобы это стало возможным.