В опциях отладки для Visual Studio вы должны указать правильный тип отладчика.
Откройте диалоговое окно свойств проекта и в разделе «Свойства конфигурации» выберите «Отладка». Для опции Тип отладчика выберите свойство, которое применяется:
Это может быть автоматический или смешанный. Я предпочитаю смешанный, так как он явно заявляет, что вы хотите как управляемую, так и встроенную отладку.
В качестве примечания вы можете выбрать только нативный, но вы не сможете установить точку останова в управляемом коде. Я не уверен, если это проблема для вас или нет.
Если вы выберете только управляемый, вы, очевидно, не достигнете никаких точек останова в нативном коде.