Если используемые вами плагины написаны правильно (буферизуйте локальные настройки, команды, сокращения и сопоставления), все должно быть хорошо.Обычно это делается с помощью ftplugins, а не с помощью плагинов.
Если вы видите неправильное поведение, вам придется искать, какие плагины написаны неправильно, а затем связаться с их сопровождающими, чтобы исправить их.