Я думаю, что часть, которую вам здесь не хватает, - это то, как WebFaction выкладывает структуру для вашей учетной записи, приложений и веб-сайтов. Вы можете увидеть некоторые способы их настройки здесь:
http://docs.webfaction.com/user-guide/examples.html
Ответ на ваш вопрос:
Вам необходимо поместить файлы, в зависимости от типа файла (если это статический файл или php и у вас настроено приложение Static / CGI / PHP), в каталог / home / username / webapps / appname. Вы можете просматривать свои приложения, просматривая информацию в документах WebFaction и следуя за ними через их панель управления к необходимой информации.