web.xml должен быть размещен внутри WEB-INF при развертывании вашего веб-приложения.Некоторые контейнеры сервлетов позволяют вам иметь общие или повторно используемые файлы web.xml в своих каталогах конфигурации, но это не является стандартным AFAIK (в большинстве случаев лучше, чтобы ваше веб-приложение было автономным)
Вам не нужно знать осинтаксический анализ XML-файла, поскольку все это обрабатывается контейнером сервлета под капотом.(Просто поместите его в нужное место)