C ++ может работать практически на любой ОС, если вы избегаете (или, посредством условной компиляции, предоставляете альтернативы) что-либо специфическое для одной ОС или версии. Код Win32 практически одинаков между версиями; Основное отличие заключается в добавленной функциональности в новых версиях. Между Windows и, скажем, Linux, хотя? Не так много. Вам нужно выбрать платформу, если вы не хотите либо придерживаться текстового режима (который довольно близок между операционными системами, благодаря стандартам), либо изучать какой-либо другой нейтральный платформой API, такой как OpenGL, wxWidgets, GTK и т. Д.
Что касается того, какой компилятор использовать, если вы придерживаетесь Windows, я бы порекомендовал Visual Studio. У Microsoft есть бесплатная (Express) версия, которая позволит вам скомпилировать код Win32 или .net. (Вам понадобится платная версия или немного поиграться с Platform SDK, чтобы поиграть с 64-битной.) И IDE тоже не так уж плох. Если вам нужен только компилятор, Platform SDK имеет те же компиляторы, что и VS, и включает 64-битную поддержку (и даже кучу примеров кода и инструментов).
Что касается независимости от любых библиотек времени выполнения: каждый компилятор C ++, который стоит использовать, имеет библиотеку времени выполнения. Однако, если вы статически ссылаетесь на него, нужные вам части будут встроены в ваш EXE-файл. Кроме того, у вас есть разрешение на распространение библиотек среды выполнения вместе с вашим приложением (хотя вам может потребоваться установить его с помощью предоставляемого ими пакета, который вы связываете вместе со своим приложением ... я забыл, как все это работает).