Похоже, вы могли уничтожить таблицы в базе данных («mysql»), в которой хранятся учетные данные для доступа ко всем базам данных. Вы видите что-нибудь в журналах MySQL (/ var / log / mysql), что указывает на проблему?
В случае повреждения подход к его устранению будет зависеть от механизма хранения. Вы используете MyISAM (по умолчанию)? Если это так, попробуйте отключить демон и использовать myisamchk для попытки восстановления.
Если вы не можете восстановить, вам, вероятно, придется восстанавливать из резервных копий (у вас есть резервные копии, верно?) Или повторно инициализировать MySQL (возможно, просто переустановить пакет через APT проще всего).
Вы можете попробовать и ServerFault, чтобы получить больше советов от опытных системных администраторов.
P.S. - если у вас есть доступ суперпользователя системы, вы можете сбросить корневой пароль MySQL, даже если вы не можете войти в MySQL, хотя и через несколько запутанную процедуру .