Если вы автоматически генерируете документацию, зачем вообще помещать ее в репозиторий? Вы создаете его каждый раз, поэтому нет смысла иметь его версию тоже (он все-таки генерируется). Я бы предпочел использовать ловушку перед фиксацией для генерации документации и размещения ее в общем месте для доступа к ней, чем для ее хранения в хранилище - хранение ее в хранилище создает избыточность, которой, с моей точки зрения, следует избегать.
(И я согласен, что хуки до фиксации не должны изменять то, что происходит:)