Если вы говорите о странице $route['404_override'], она сама не отправляет правильный код состояния 404. Я недавно подал сообщение об ошибке об этом.
Исправление в сообщении на форуме кажется идеальным, просто убедитесь, что вы установили заголовок вручную с помощью $this->output->set_status_header('404'); любым способом, который вы определили в качестве значения по умолчанию 404. Единственная проблема, о которой я могу подумать, это если вы хотите, чтобы 404 загружали ваш дом страница или что-то.
Существует и другая проблема: допустимые контроллеры с недопустимыми методами будут отображать страницу ошибки по умолчанию вместо пользовательской. Вы можете увидеть некоторые сообщения об этом на системе отслеживания проблем .
Надеюсь, они исправят это в будущих выпусках и сделают настройку заголовка автоматической.