Когда ваш usercontrol визуализируется на содержащей странице, вы можете использовать css на нем, как и на любом другом теге на вашем сайте.
Единственное, что вам нужно сделать, это добавить файл css в заголовок вашей главной страницы.
При использовании селекторов css помните, что идентификаторы элементов управления в вашем пользовательском контроллере - это не тот код, который вы должны использовать в качестве селектора css.
Fe.
<input type='text' id='txtName'/>
в вашем usercontrol будет отображаться что-то вроде
<input type='text' id='ctl00_phMain_MyUserControl_txtName' />
, поэтому убедитесь, что вы используете правильный идентификатор для применения вашего стиля или используйте тег класса