Это зависит от конкретной реализации контейнера Java EE.JPA больше похож на интерфейс, спецификацию, а Hibernate - это пользовательская реализация JPA.
Hibernate поставляется с JBoss, Eclipselink является примером другой реализации JPA, которая поставляется с Glassfish.Но вы все равно можете использовать Hibernate + Glassfish, если хотите.