Вирусы безвредны для файловой системы - они становятся вредоносными, когда выполняются, а содержимое всегда выполняется из ОЗУ.
Таким образом, вы абсолютно ничего не получаете, загружая в ОЗУ, если ASP.net даже позволяет это(то, как он обрабатывает загрузку файлов, зависит от конкретной реализации, он может хранить его в оперативной памяти или во временном файле).
Если вы беспокоитесь о вирусах, не запускайте файл Excel.Запустите вирусный сканер или пройдите весь путь и раскручивайте виртуальную машину в песочнице каждый раз при загрузке файла - в зависимости от вашего конкретного использования и требований.