Нет действительного варианта использования, где вам нужно было бы включить этот флаг. Вызов createIndex / sureIndex, который приведет к определению индекса в вашем сообщении, завершится ошибкой, если в этой коллекции будут присутствовать дубликаты ключей индекса:
> db.test.save({a:1})
> db.test.save({a:1})
> db.test.ensureIndex({a:1}, {unique:true})
E11000 duplicate key error index: test.test.$a_1 dup key: { : 1.0 }
Другими словами, не существует ситуации, когда вам нужно включить этот флаг задним числом. Единственная причина, по которой этот флаг существует, заключается в удалении дубликатов при вызове createIndex для коллекций, имеющих повторяющиеся значения ключа индекса, и вы хотите удалить их, а не вызов, завершившийся ошибкой с указанной выше ошибкой.