Вы можете попробовать использовать SetEnvIf, чтобы проверить Request_URI для / admin, поэтому в итоге вы должны получить что-то вроде этого:
# Set an environment variable if requesting /admin
SetEnvIf Request_URI ^/admin/? DONT_NEED_AUTH=true
# Setup your auth mechanism
AuthName "Members Only"
AuthType Basic
AuthBasicProvider file
AuthUserFile /path/to/.htpasswd
# Set the allow/deny order
Order Deny,Allow
# Indicate that any of the following will satisfy the Deny/Allow
Satisfy any
# First off, deny from all
Deny from all
# Allow outright if this environment variable is set
Allow from env=DONT_NEED_AUTH
# or require a valid user
Require valid-user
Возможно, вам придется обернуть это в соответствующие теги или, если вы непоместив это в файл .htaccess.