Согласно документации postgresql :
Adding a primary key will automatically create a unique btree index on the column
or group of columns used in the primary key.
Однако, это не мешает вам создавать другой индекс для тех же столбцов. Это может иметь смысл, если вы используете другую политику индексации (например, индекс GiST). Но, если вы не уверены в этом, 99,9%, что вы только что создали идентичный индекс.
На самом деле, это никак не повлияет на функциональность приложения. Единственное, на что следует обратить внимание, это то, что индексы перестраиваются при операциях обновления, поэтому могут возникнуть некоторые проблемы, связанные с производительностью. Итак, как руководство предлагает удалить редко используемые индексы (последнее предложение), вам лучше удалить эти индексы из базы данных.
Я не совсем знаком с миграциями RoR, но думаю, что достаточно перенести миграцию, удаляющую эти индексы.