Если вы имеете в виду ASP.NET в IIS, то да, каждый пул приложений может иметь свою собственную версию CLR, поскольку они являются отдельными процессами.Это не особенно помогает для балансировки нагрузки - IIS позаботится об этом самостоятельно.Я почти уверен, что ты просто мешаешь этому.